No es algo específico de Mac, una aplicación nativa puede serlo en cualquier sistema operativo. Que sea nativa significa que está escrita específicamente para ese sistema operativo, sin necesidades de emuladores de instrucciones o de APIs (juegos de contrucción para un sistema operativo en concreto).
Piensa en un Lego. Sus piezas son incompatibles con las del Tente, de modo que puedes construir un barco usando piezas de Tente u otro usando pizas de Lego pero no puedes mezclarlas para construir el mismo barco. Un barco de piezas exclusivas de Lego o de Tente sería modo nativo. Sin embargo todos hemos alguna vez forzado las piezas de Tente para que encajen con las de Lego y completar nuesto barco y entonces estamos hablando de emulación (forzamos que las piezas de Tente se comporten como las de Lego). El rendimiento y el aspecto final será mejor en un barco construído solo con un juego de piezas.
Lo que pasa thundergod es que mediante la emulacion buscas que el mac se comporte como un win, al hacer esto esta engañando a las aplicaciones nativas de win que se ejecuten en el osx de manera nativa, como lo arian en win pues.
Una cosa colega, pero para que demonios quieres meter mierdas de win en osx, ten un portatil o un pc a la mano para esas cosas (yo tengo un pc solo para el giga studio) y deja al mac quieto jajaja, esos emuladores tampoco es que sean de lo mejor y gastan recursos innecesarios.}
Mi humilde opinion.
Lo q pasa esq puedes instalar windows en un mac y arrancar windows nativamente como cualkier otro PC, esto solo con los mac intel, ya q los nuevos mac no dejan de ser PCs q estan autorizados para correr OSX mediante un chip extra en la placa madre, cuando arrancas en windows es como otra marca mas de PC. suerte.