cuando no encunetra los archivos de audio te lo dice y te pide que los busques tú manualmente, por tanto eso no creo que sea...
Puede ser más bien que no encuentre Plugins que tenías registrados en el Sonar 4, pero no están registrados en el Sonar 5...
Haz la búsqueda de todos los Plugins a ver si se soluciona...
De todos modos el Sonar 5 devora bastantes más ecursos que el 4, y si tienes muchas pistas y sintes virtuales, con EQs y efectos, no es nada raro que te de los "dropouts"...
Bouncea pistas, congela todo lo que puedas, archiva las que tengas muteadas, etc...
definitivamente no es problema de equipo, ya que iniciando proyectos en sonar 5 desde el principio me van perfectos.
Saludoss.