Hola!!!!
Tu primera consulta, respecto al sonido bajo que se te queda al pasar los archivos WAV, no sabría decirte porque la verdad, pero a mí me pasaba algo parecido cuando pasaba los pattern de reson a WAV también... nose la causa, igual algún compañero del foro sabe decir porque sucede.
Respecto a lo del orden, lo más normal es este :
Grabar
Editar (quitar las partes de pistas que tiene ruidos y se puedan quitar, cambiar un bombo porque ha quedado mal etc... cortar y pegar vamos....)
Mezclar (Aqui utilizarias los diferentes plugins, EQ, dinámica etc.... busca por el foro como utilizar cada uno, porque es un mundo aparte)
y por último despues de tener todo esto, debes de sacar en dos pistas independientes L + R y con eso, generar un nuevo proyecto y
Masterizar.... es el proceso quizá más delicado. Puedes hacerlo tú, pero sincerament.... si quieres hacer algo decente para sacar un disco o así, es mejor que lo hagan otros con un equipo más profesional.
Si solamente es algo para tí y tal... pues puedes intentar masterizar con T-Racks que funciona bastante bien.
Bueno, espero que te sirva de ayuda esta mini-mini-mini-mini-mini guia!
P.D. Como todo en este mundo, esto es lo que se suele hacer... ahora puedes seguir los pasos como más te guste, eso es lógico