Buenas tardes.
Efectivamente, un par de omnis es lo suyo. Que sean de gran o pequeño diafragma, de condensador, a válvulas... ya depende de lo que quieras desde un punto de vista "sónico" o, más pragmáticamente, del dinero del que dispongas (yo no le haría ningún asco a unos Neumann M50, tampoco a unos Schoeps MK2 Sg... pero no los puedo pagar
).
Define precio asequible, porque para unos será 3000€, y para otros 150€. Por la parte de abajo, te recomendaría estos (no los he probado, pero la gente habla muy bien de ellos):
http://www.oktava-online.com/mk012.htm
https://www.thomann.de/es/oktava_mk_012_ ... d_pair.htm
Y un poco más caros, estos otros (estos sí los conozco, y son un cañon de micros):
http://www.mikrofon-m-eng.bests.ru/ (los MKE-30)
http://reflexion-arts.com/productos/fab ... -capsulas/
Lo que yo haría, sería conectar los micros a un buen previo (soy fan declarado de DAV), de ahí a una interfaz con buenos conversores, y al portátil (con tu DAW favorito). También puedes enchufar el previo a unos conversores con firewire (la Lynx Aurora me está mirando con ojos golosos...) y ya tienes un equipo de grabación de tirar "p´atrás" En los tiempos que corren, me parece que andar cargando con mesas, grabadoras, DAT..., a no ser que sea eso específicamente lo que quieras (o una grabadora de cinta, ¿por qué no?), me parece poco práctico.
Respecto a la técnica a usar, ORTF con omnis no (para eso se usan cardioides), y el Jecklin Disc tampoco. Los pares omnis crean la sensación estéreo debido a la diferencia de tiempo, y si los pones relativamente juntos (ORTF), tendrás un estéreo pobre.
El Jecklin Disc es muy buena solución para otras cosas, pero para órgano no (al menos en mi humilde opinión). El disco sirve para que los micros queden separados a altas frecuencias (que son mucho más direccionales que las bajas), y de esta manera se consigue mucha más localización dentro de la imagen estéreo (algo cuya falta siempre se echa en cara a las técnicas con omnis). Para un órgano, que tiene unos graves brutales (tubos de hasta 32 pies), los graves inundarán todo (son, por así decirlo, "omnidireccionales", y se cuelan por todas partes). El disco no va a servir para nada, ya que los graves del órgano se ríen de él a la cara. Si usas esa técnica, tendrás una señal muy "mono", con una amplitud estéreo y localización bastante pobre.
Yo haría una técnica de par espaciado. ¿Cuánto de separado? Ya veremos. Coge los micros y sepáralos "x" (¿25 cms., por ejemplo?) Graba algo y escucha qué te parece. Sepáralos más y vuelve a grabar. Sepáralos más y vuelve a grabar... Así hasta que encuentres una amplitud estéreo que te guste. Yo forzaría la separación hasta que empezara a oir hueco en el centro. Cuando llegara a ese punto, sabría que me he pasado y es cuestión únicamente de cerrar un poco la distancia. De este modo, sin llegar a quedar con el centro vacío, tengo la mayor amplitud estéreo posible (siempre que eso sea lo que quieras).
También es cuestión de colocar el tinglado en el sitio dentro de la iglesia en que mejor encuentres la relación sonido directo/sonido reflejado (creo recordar que se le llama "critical distance"). Igual que antes para encontrar la separación ideal entre micros, no te queda otra que probar: mueve el asunto hasta que te guste lo que oigas.
Muchos órganos modernos están preparados para enviar el sonido hacia abajo, de manera que el público o congragación reciba más sonido directo. Por el contrario, los órganos antiguos (y esto es algo muy muy muy característico del órgano barroco español, con su trompetería "de batalla" tendida paralela al suelo), proyectan muy por encima de las cabezas del público, lo que implica poner el par de micros a una considerable altura.
Un saludo.
pero haré la mejor elección posible basado en lo que aquí comentas; y bueno, de nuevo muchas gracias! 
