Para poder escuchar el Youtube con el servidor de JACK en marcha tienes que instalarte el paquete pulseaudio-module-jack. Mírate el enlace:
https://help.ubuntu.com/community/UbuntuStudioPreparation#Pulse_Audio
claro que esto es si quieres grabar por ejemplo la fuente de sonido que viene del Youtube. Si no es el caso, lo más práctico es que cierres JACK y vuelvas a utilizar Pulseaudio para Youtube (y para otros programas que utilizan Pulseaudio por defecto).
Los 96000 Hz lo tienes que configurar en dos sitios. Por una parte físicamente en tu tarjeta (en la mía hay un interruptor para seleccionar la frecuencia de muestreo). Por otra parte en la configuración del QJackCtl.
Me he estado mirando las referencias de la Komplete Audio 6 y tiene muy buena pinta.