Fabian, lee el manual de nuendo yo creo que la pregunta es demasiado básica como para que pierdas tiempo esperando a que alguien te responda, una breve hojeada al manual y ya tienes la respuesta.
Tanto Nuendo como Cubase trabajan con buses. Cada entrada y salida física de la interfaz debe tener asociado un bus lógico dentro del programa. Por lo general al instalar y conectar todo por primera vez se reconocen las entradas y el software crea los buses automáticamente, pero en algunos casos como por ejemplo que estuvieras trabajando con otra interfaz y tu proyecto hubiera sido guardado con la configuración de buses correspondiente a esa interfaz, pues es probable que al conectar una nueva interfaz tengas que crear los buses manualmente.
Cada bus luego es reconocido como una entrada o salida para asignar a cada pista.
Un micrófono es una fuente de un solo canal, por tanto debes grabarlo en una pista de un solo canal, es decir una pista mono. Si creas una pista estéreo necesariamente te pedirá asociar un par de entradas a esa pista, ya que la pista consta de 2 canales, y necesita por tanto 2 buses, y por lo general el software asocia automáticamente 2 buses mono para crear uno estéreo. En otras palabras si creas una pista estéreo tendrás los dos micrófonos sonando en la misma pista. Para tenerlos independientemente debes crear una pista mono para cada micrófono y a cada una asignar un bus diferente.
Con lo que te digo ya lo solucionas pero es requisito leerse el manual, mira que nos baja el perfil tener que responder cosas que están en las primeras paginas del manual.
Mirare el manual entonces, GRCIAS!