¿Que quiere decir que están afectadas por un BUS?
¿Qué versión de Nuendo utilizas?
Claro, al expòrtar te sale la ventana donde pones opciones como tipo de archivo en el que quieres la mezcla etc (mp3, wav, w64, etc). Ahi en la esquina de abajo a la izquierda esta tambien la opcion para exportar solo las pistas de audio, o solo los efectos, o todo. (solo pistas, solo buses o master). Y ademas tienes la opcion de exportar como mono, estereo dividido y estereo entrelazado.
Saludos
Te doy una alternativa. En vez de crear buses (o subgrupos), lo que hago es añadir pista de grupo. (como añadir una pista de audio, midi, fx...)
Despues se hace igualito que con el bus, asignando las pistas que vayan hacia el grupo.
Yo tuve el mismo problema que tu, y se lo plantee a un compañero, y me propuso la misma alternativa que te he dado yo y... solucionado, al exporta se exporta todo.
Saludos.