Porque al grbarlas juntas el sampli las agrupa automáticamente. Si deseas tratarlos por separado, debes desagruparlos.
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...o como en alguna ocasión ya se dijo, sino quieres que las tomas queden agrupadas por defecto después de cada grabación multipista, elimina el problema de raiz desmarcando la casilla Group objects after multirecord en las opciones de proyecto:
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