Bahías y puertos debes plantearte cuantos discos vas a montar, especialmente magnéticos, ahora con los M.2 que van directos a placa sin cables y los SSD SATA que los puedes poner donde te dé la gana no suele haber mucho problema. Luego tienes el factor de forma en torre (ATX - 7 espacios PCI) o minitorre (mATX - 4 espacios PCI) y la necesidad o no de gráfica dedicada donde los únicos que se librean son los i7 8700 (6 cores - 12 hilos) o el estandarte de ese zócalo, el 9900K (8 cores - 16 hilos). Estos son los que menores latencias tienen, lo que viene bien con librerías pero, en las plataformas pro puedes montar el doble de RAM, lo que viene bien para abusar de librerías y procesadores con más núcleos, lo que viene bien para abusar de plugg's.
El problema es que los precios de Intel están por las nubes, supuestamente por falta de stock, y como lo venden igual o les sale a cuenta, pues arriba precios. Luego tienes también mayor posibilidad de ampliación con un equipo AMD que tiene programado reducir sus chips a 7 nanómetros en 6 meses y dan mucho más soporte que Intel, que no planea sus plataformas para que tengan longevidad o que directamente sin cambiar de arquitectura te puede hacer pasar por caja dejándote con una placa sin compatibilidad, que realmente podría hacer funcionar procesadores nuevos.
Los AMD Threadripper te dan más núcleos que los Intel X299 y aunque estos últimos puedan funcionar mejor en algunos entornos, lo cierto es que ninguna plataforma te va a dar las mejores latencias. Digamos que estos procesadores con muchos núcleos lo que hacen es juntar chips y por eso tienes la sistema de intercomunicación de Intel (MESH) añadiendo un poco de latencia o el Infinity Fabric de AMD que además liga la frecuencia de cachés a la de memoria, por eso se suele recomendar RAM más rápida en equipos AMD.
Ya que comentaba lo de la memoria, decir también que la compatibilidad con AMD es más pejiguera, sobre todo al montar todos los módulos pero bueno, nada que se pueda arreglar mirando la lista de compatibilidad de la placa o con un poco de googleo en webs informáticas decentes.
Volviendo al tema torre, cualquiera actual tiene para enchufarle un USB 2 y un USB 3 interno para aprovechar los 3 o 4 USB's frontales. Si a caso en tema de refrigeración hay que mirárselo mejor montando procesadores de rendimiento. Si no vas a por los más bestias un buen disipador es suficiente, para bichos más gordos o procesadores de rendimiento con idea de forzarlos, igual ya habría que meterse en un kit de refrigeración líquida y sería necesario mirarse mejor la torre por tema compatibilidad para montarlo en el frontal, lo que calentará más la torre pero te dará mejor temperatura en procesador o en la parte superior. Para un Intel i7 8700 o un Ryzen+ 2600X y si no es que te vas a liar a pinchar controladoras internas, como se te vas a una Cooler Master Silencio 352 (mATX, un ventilador de entrada y otro de salida) + disipador con ventilador de 12 cms.
En resumen, si hay presupuesto y crees que con 64GB te apañas, para un equipo que tampoco te vas a liar como un loco a meter pistas y plugg's, el 9900K te va a dar muy buen rendimiento, ideal para librerías. Si crees que necesitas más RAM ya es mirarse un Threadripper o un AMD, si vas a tirar más de librerías que de plugg's, minipunto para Intel.
Desde luego a precio sensato y con vistas a poder ampliar a un micro con núcleos y buen rendimiento por núcleo, que no se vaya de precio, nada como un 2700X, incluso un 2600X si no abusas de plugg's, ya se montará un 12 núcleos a 7nm porque con esa reducción de chip primero, van a tener una reducción de consumo que les permitirá alcanzar mayores frecuencias y segundo, van a tener un chip más pequeño que les facilite añadir núcleos sin ir al trasto que es un Threadripper de los bestia actuales, que casi no te caben en la mano.
Del resto de componentes mejor no digo nada que aquí ya hay suficiente ladrillo