Eso es por que lo tendrás configurado para que se vean iguales las dos, esto es, en clonación.
De la otra forma no deberías tener problemas. Yo tengo uno de 20 "paronámico" y un monitor de 17 "feodelosdetoalavida" en escritorio extendido y no tengo ese problema.
Si a lo que te refieres es que al conectar el monitor, pro un momento, se pone toa la pantalla grande azul, se le baja la resolución y luego se pone bien otra vez, es normal. Lo hacen todos hasta que autodetectan la resolución máxima del montiro que le has conectado.
Saludotes!
Ten en cuenta también que con el modo de pantalla duplicada ambos monitores reproducirán la misma resolución (en este caso la menor de las dos).
Para poder ver cada uno a su resolución nativa deberás tenerlos en el modo de extensión de escritorio.
saludos