No siempre se instalan en la misma carpeta. Cubase debe conocer todas las rutas donde pueda haber plugins, si algunos tenían en el instalador una ruta por defecto diferente, muy probablemente Cubase no sabe donde ir a buscar, para eso debes agregar las carpetas de plugins en la configuración de cubase.
Otro motivo puede ser que estén en diferentes versiones, 64 o 32 bits, y que cubase no esté viendo alguna de las 2 versiones por incompatibilidad.
Como tercera opción se encuentra que Cubase en si mismo es algo "mañoso" a mi me ha tocado desinstalar y volver a instalar para que reconozca los plugins correctamente.