La integrada es una realtek (o lo que sea, pero con chipset realtek, que es el famoso AC'97).
La EMU es un producto de SoundBlaster (EMU es la gama profesional de esta compañía), y la EMU tiene un chipset conocido como "Creative Labs SB0400 Audigy2 Value", y que es el valor que te da el 'lspci'. Como dije en otro mensaje, es algo muy común con las tarjetas Wifi: Una tarjeta Wifi R4 tiene un chipset "prism54", y eso es lo que figuraría en un 'lsusb'.
Ubuntu (al igual que Windows), solo permite, en una configuración básica y sin JACK (y con JACK por lo que tengo entendido es complicado hacer lo contrario), que funcione una tarjeta de sonido. Si tienes DOS tarjetas (en este caso la EMU y la integrada) tienes que decirle cual es la predeterminada: click en el applet de sonido (icono de altavoz al lado del nombre de usuario en Ubuntu) y seleccionar la tarjeta que quieres que suene.
Si no usas la integrada para nada, la desactivas en la BIOS y se acabó este problema. Creo que estamos en un caso de "navaja de ockham". Dices que aunque está deshabilitada sigue apareciendo... ¿podría ser el audio HDMI lo que aparece? A mi me pasa con la wifi averiada del equipo, la deshabilito en la BIOS pero Linux la levanta igual (qué jefe el cabrón), así que bloquee el driver y ya no se levanta más.
http://aerilon.wordpress.com/2012/08/22/deshabilitar-una-tarjeta-wifi-defectuosa-bajo-gnulinux/
Tu no te preocupes que no tienes porqué volver a Windows, vamos despacito y con buena letra y lo arreglamos.
P.D: Y si tengo que ir a casa de mi bajista y robarle la EMU404 de su hijo, lo hago. Tarjeta con la que Freedom Xlave grabamos nuestro primer single...