Pienso que lo que en realidad necesitas es poder ver todos tus instrumentos a la vez en el "piano roll" o editor de tu programa, pero mantenerlos separados en diferentes pistas. Por experiencia te puedo decir que por mucho que separes, algunos instrumentos van a invadir el 'espacio' de otros (sentido común) y la separación posterior podría ser un dolor de cabeza. Creo que la mayoría de DAW's (secuenciadores) te permiten verlos todos, mientras editas uno (activo) a la vez sin disturbar los otros.
Tener insertado un instrumento virtual, como el que sugiere Raul es una buena idea. Es lo que hago yo. Ya después sustituyo ya sea con Kontakt (con el que podrías trabajar de la misma manera) o con instrumentos individuales en cada pista, según lo pida el proyecto en el cual esté trabajando.