Prueba a mandar los sintes a un bus y aplica un compresor ahí.
Lo de encontrar y eliminar resonancias mediante ecualización es más para material de instrumentos reales o voces grabados en habitaciones o en salas no preparadas para ello (o por mal posicionamiento de instrumentos o micros con respecto al entorno). En esos casos, habrá frecuencias concretas que "constantemente" estarán alteradas y que "constantemente" necesitarían una corrección (usando un ecualizador paramétrico, por ejemplo).
En tu caso, esas "resonancias" no responden a una alteración constante en el espectro por efecto del entorno y por lo tanto no podrás solucionar el problema usando la ecualización. En tu caso, dos o más instrumentos coinciden en la misma frecuencia (la misma nota) y eso provoca que el nivel de la señal "suma" pueda ser un tanto impredecible, con subidas o bajadas de volumen en momentos concretos (todo depende de la fase, de los sonidos concretos, etc.). Entonces lo que nos encontramos no es un problema de que en algunas frecuencias haya subidas "siempre" o en otras haya bajadas de nivel "siempre", si no que cuando coinciden en alguna frecuencia, el nivel de la señal hace un poco el tonto. Por eso, por lo menos a priori, parece que será mejor atacar el problema real: el nivel de la señal en esos momentos. Y para atacar problemas "dinámicos", pues usaremos herramientas dinámicas. En este caso, parece que llevando directamente las señales de esos sintes a un mismo bus (o pista de grupo o como queramos llamarlo) y aplicando ahí un compresor, podremos tener más controlado el resultado. Los ajustes deberán ir en función de los efectos que se produzcan al mezclar las pistas, es decir, si el volumen varía mucho usaremos un ratio alto, si varía muy rápidamente usaremos tiempos cortos, etc. ...
Espero que sirva de ayuda!