Lo lamento, hoy ando poco imaginativo, no puedo identificar en mi memoria el ruido que comentas. Cual es la intensidad de ese ruido? si tu me hablas de click, pues se me viene a la mente el sonido que se genera al presionar uno de los botones del mouse, y no me imagino de que manera un sonido como ese pudiera dañar los altavoces. Pero como hablas de dañarlos pienso que debe ser un ruido bastante fuerte, pero la información es poco descriptiva, primero por que no dejas claro si son varios click durante la reproducción, lo que probablemente tenga que ver con el tamaño del buffer. Pero si es un sonido explosivo bastante potente que solo se genera una vez al detener la reproducción hay que fijarse si estas utilizando los drivers correctos, y hay que verificar que el ruido no es producto de un plugin en particular (que es muy probable).
Cuéntanos mejor como tienes todo conectado y configurado, y se mas descriptivo en cuanto al ruido, ya que con nombres como "click", "pop", "crash" en realidad podemos estar una eternidad aca tratando de descubrir cual de todos los ruidos molestos es al que te refieres.