Hola Kaiser,
Eso que te pasa es por la propia naturaleza del pitch analogico, que tiene pequeñas variaciones. Puedes probar a fijar el tempo en la seccion global de traktor, y que tanto los decks como Maschine sean esclavas.
Pues con maschine 1 y mac no me pasaba..
Cuando usas controlador lo sincronizas con el master tempo de Traktor, para hacerlo con timecode deberías cuadras los deck que uses al master tempo, así no se debería de ir.
Es decir, si tienes un tema en el deck A, metes el B y los cuadras , en el momento que el A se te valla del master tempo se te descuadra con Maschine, por lo que debes cuadrar los deck A y B con Master tempo, otra solución es antes de usar Machine darle a Sync. pero es un poco rollo si se pudiera añadirle una función midi.