Las notas principales de una melodía son aquellas que son "notorias" respecto a lo que suena alrededor.
Por eso:
Notas del acorde: son principales porque destacan armónicamente
Notas que se siguen de salto o silencio (y que no son del acorde): se convierten en principales porque no resuelven de manera suave sobre notas del acorde.
Notas largas: lo mismo.
Esto implica que si en un momento dado pones una nota corta que no es del acorde y se sigue de un silencio significativo, dicha nota sonará extraña. O la armonizas, o asumes como es.
Y el caso contrario, tienes una nota ajena al acorde (cromática o una tensión), si antes y después de ella hay notas del acorde sin grandes saltos, sigue siendo una nota secundaria.
Como ya te han dicho esto tiene muchísimas excepciones y hay que analizar cada caso en su entorno.
Por otro lado todas las notas son importantes: las notas del acorde contribuyen a delinear la armonía, y las notas ajenas a los acordes dibujan y embellecen la melodía.