Hola,
Practicamente casi todos los editores de video deberian poder hacer lo que propones. Sobre temas de formatos (mkv, avchd,mp4, etc) la mayoria te admiten estos codecs de serie, pero es posible que alguno no. Entonces te tienes que instalar un programa de codecs, como el megacodecpak o alguno parecido.
Sobre el tema de editar, la gente te aconsejara todo tipo, porque realmente todos funcionan, sin ambargo cada uno tiene una interfaz diferente. Yo aconsejo Vegas, porque es el que utilizo y practicamente no me ha dado ningun tipo de problemas y no se atasca ni con video HD, ademas de que es muy intuitivo para utilizar. Pero tambien otros programas hacen lo mismo. Bajate una demo de cada y los testeas y te quedas con el que mejor se adapte a lo que buscas.
ESpero haber sido de ayuda.
Saludos.
AVCHD premiere lo mueve sin problemas. MKV no lo abre.