1. Modo incremental: el encoder manda siempre el mismo valor (o grupo de valores si es sensible a la velocidad de giro) al moverlo hacia la.izquierda y el mismo valor o grupo de valores al girarlo hacia la derecha. Suelen ser desde 63 hacia 0 (más bajo cuanto mas rápido lo gires hacia la izquierda) y desde 65 hacia 127 (hacia la derecha), o desde 1 hasta 63 hacia la derecha y de 127 a 63 a la izquierda.
En este caso, tienes que decirle al software que recibe el mensaje (el live en tu caso) que se trata de un control incremental y él mismo se encarga de modificar el valor que quieres controlar sumando o restando una cantidad de forma relativa al valor que ya tiene almacenado. Es evidente que en tu caso no lo tienes configurado así, así que deberías abrir el software de configuración del beat step y buscar esa opción de "relative encoder". De esta forma solucionas el problema.
2. Modo absoluto: el controlador almacena un valor en su interior y lo transmite al puerto midi correspondiente. En general, ningún controlador tiene memoria para almacenar el valor concreto de un encoder (si almacena sin embargo su configuración, tipo, etc...) y cuando lo apagas y lo enciendes de nuevo ese valor se resetea y se suele poner a cero (o un valor por defecto que tú configures). Éste parece ser tu caso.
Generalmente cuando tienes el encoder configurado así, el controlador suele aceptar un valor a su entrada midi en el mismo canal, con el mismo tipo y valor, que actualiza el valor almacenado interiormente, por el que recibe en esa entrada. Esto tienes que configurarlo también en el software, de forma que una vez que tienes el controlador encendido y arrancas el software que quieres controlar, este software suele enviar los valores que tiene almacenados en tu proyecto que están siendo controlados hacia la entrada midi de tu controlador.
Para ello sueles tener que indicar en algún sitio (en el live creo que hay una pestaña de entradas y una de salidas midi en el menú de configuración) tanto tu entrada midi del beat step como tu salida.
Mi recomendación es que configures los encoders de tu beatstep como relativos en su software de configuración y así, si alguna vez arrancas antes el live y luego conectas el beatstep no corres el riesgo de sobreescribir los valores de tu proyecto con los valores de inicio por defecto (cero) de tu beatstep. Asegúrate de qué tipo de valores relativos recibe el live (1-127, 63-65, etc...)