Podría venir por un tema de resonancia con la caja, como dice Pueblo. Pero si realmente apaga tanto el sonido en esas notas es bastante probable que el problema se origine en la amplificación más que en los propios altavoces. A veces me ha pasado algo parecido probando emulaciones de software de amplis o en pedaleras multi-efectos.
Puedes abordar el problema desde varias perspectivas. Lo normal sería empezar a probar la misma guitarra con el mismo ampli y cambiando la pantalla. Luego el equipo original, pero con otro ampli. Luego otra guitarra, etc... Quizás saques alguna conclusión de qué componente es el que está generando más problemas.
Otra manera, podría ser la de analizar la señal en cada uno de los pasos y como evoluciona, por ejemplo grabando la salida de la guitarra directamente y comparándola con otras guitarras que te puedan sonar mejor. También puedes probar a grabar la salida del ampli sin la pantalla (si tienes salida de linea o loop de efectos o bien con un atenuador). Te puedes encontrar aquí que el ampli genera una distorsión excesiva de ese rango de notas porque la salida de la guitarra dé más volumen en esas frecuencias y haya una sobresaturación que se carga el sonido.
Si la conclusión es que la propia salida de la guitarra te recoge demasiada fuerza en esas frecuencias (o lo que es lo mismo, quitando volumen en el pote de la guitarra se oye mejor), puedes probar a jugar un poco con la puesta a punto del sonido en la propia guitarra, bien tratando de alejar la pastilla en las cuerdas grabes o ajustando las piezas sueltas de esa pastilla para esa cuerda (si la pastilla permite este ajuste).
Es que entiendo que una pantalla puede jugar sucio a la hora de sacar un buen sonido, pero se me hace difícil de aceptar que lo pueda hacer hasta tal punto. Sinceramente, tampoco controlo demasiado sobre altavoces y pantallas más allá de las más clásicas.
A las muy malas, puedes probar a meter algún pedal por en medio de manera discreta para que te filtre esas frecuencias, un Tube Screamer (que lleva un filtro pasa-banda incorporado) o un wha-wha en el que puedas controlar la "Q" del filtro te pueden ayudar a indentificar mejor el problema. O incluso ir directamente a por un pedal de "EQ" y probar. Pero vamos, que si la guitarra es buena y el ampli también, debería sonar decentemente sin demasiadas complicaciones.
Espero que te sea de ayuda!