No soy ningun experto en musica atonal pero la logica me dice que, aunque sean instrumentos transpositores, no habria que ponerles armadura porque constantemente la estarian violando, simplemente habria que escribir su melodia transportada. De todos modos espero que alguien mas pueda confirmar esto o rebatirlo.
mod
Daría igual, si escribes los dos sostenidos no implicas que la obra esté en Re, por lo mismo que no poner ninguna alteración en los instrumentos no transpositores no implica que la obra esté en Do si ésta es atonal.
Muchos compositores modernos ni siquiera escriben los instrumentos transpositores en su tonalidad, sino que dejan el trabajo de transposición al intérprete de ese instrumento, y su pentagrama está escrito tal cual debe sonar.
saludos,
Puedes poner la partitura transportada (sin armadura) e indicar al principio "partitura transportada" para que no haya dudas
Un saludo!