La mezcla y el mastering son dos cosas distintas que se deben hacer de forma independiente.
Primero haces tu mezcla balanceada, con niveles, paneos, plugins de audio, no permitiendo que el track master sobrepase -3 dbs para dejar un buen margen de headroom y sin aplicarle absolutamente nada de plugins (al track master), bounceas a un archivo de audio estereo .wav (este archivo de audio quedara "bajo de volumen").
Cuando tengas unos 10 o mas temas terminados, descansas tus oídos un par de días.
Insertas todos tus archivos de audio estéreo .Wav a un editor de audio y en este es donde debes masterizarlos con una cadena de plugins de mastering.
Estos son gratuitos.
http://www.voxengo.com/group/mastering-plugins/
Además de insertarles datos, tiempos de reproducción, etc. para que no solo se escuchen todos de forma similar, sino la reproducción del CD sea buena, después salvas tu proyecto como Red book CD o DDP y lo quemas, este será tu CD master con el que podrás crear copias, y de este también podrás generar los MP3s para subirlos a internet.