En mi caso suelo ubicarlas por desarrollador. No se, me vienen antes a la cabeza el desarrollador que por temática o por instrumento. Mejor dicho si se que quiero unas cuerdas primero pienso si quiero más el sonido de las cuerdas de un desarrollador o de otro y me voy para allí.
Intento evitar muchos niveles de carpetas. En el raiz carpeta con el nombre del desarrollador y dentro de ésta carpeta con el nombre de librería.
En mi caso también ví que lo malo de ordenarlas por instrumento es que descompensas mucho los discos duros.
Me explico, las librerias más grandes y más pesadas suelen ser las orquestales y, dentro de éstas, las cuerdas. Si pones todas las cuerdas juntas y te lías con un tema orquestal casi toda la polifonía la intentas sacar de un mismo disco duro, lo estresas y empiezas a tener clicks. Otras librerías en cambio son mucho más ligeras y si las pones juntas en el mismo disco...pues ese disco lo tienes a bajo rendimiento mientras tienes el otro que echa humo.
Así que intento compensar y no tener todas las librerias pesadas juntas. Tampoco me importa si quedan un poco "escondidas" las librerias que van autorizadas por Kontakt porque están muy a mano a la izquierda del interface.
No obstante lo anterior, si tengo algún proyecto exigente y que me va a llevar bastante tiempo, reordeno mis librerías (aunque intento evitar hacerlo).
Por temática las ordeno en el quick load de Kontakt.
Y finalmente las librerías exigentes van a discos SSD y las demás a discos duros normales.
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Claro que si tienes solo un disco duro y no tienes toneladas de librerías quizá la organizaicón más lógica es la que comentas por instrumento.
Es difícil saber, con esto tampoco hay recetas mágicas y cada compositor es un mundo.
Yo suelo ordenarlas por instrumentos y también por géneros. Y si, las subcarpetas son necesarias para no tener 800 mil carpetas principales, que luego es un coñazo ir buscando....