Yo he conseguido hacer esto que tu dices con el modulo alesis dm-5 y un sampler akai, es decir todo hardware, introduje en el sampler akai un bombo que gustaba al grupo, ya que el que habian grabado ellos no les gustaba y la verdad es que era algo malo, pues bien, saque el audio del bombo grabado hacia el Alesis, esto actuaba como trigger y a su vez este reproducia el sonido que habia en el sampler akai, el problema es que hay un poco de retardo, asi que luego tienes que sincronizar toda la pista de bombos nuevos, no es dificil.
Esto mismo lo puedes hacer sin el sampler, es decir solo con el DM-5 o con cualquier otro modulo de bateria, solo que te debe gustar el sonido de bombo preset, yo utilize el sampler porque le gusto mas al batera de este grupo el sonido sampleado que tenia, aunque yo solo te digo que no te compliques la vida y utilices los sonidos del modulo de bateria que traiga, los retocas y listo, y a ser posible siempre que grabes a un grupo, utiliza el trigger y lo grabas en midi, asi luego le puedes asignar el sonido que quieras y no te marearan tanto. Por cierto si utilizas solo el modulo de bateria, tendras menos retardo en la señal.
Esto mismo que hize yo con el sampler akai lo puedes hacer con cualquiera que sea software, solo buscas el sonido de bombo que mas te guste y haces lo mismo pero en vez de utilizar el hardware lo haces con el software.
Ahora te voy a explicar el porque ha de estar la pista muy limpia en cuanto a sonidos. Como ves el sonido del modulo se disparara cada vez que haya sonido en la pista, como sabes el modulo se puede graduar en sensibilidad para que no ande disparando con cada ruido, sino con golpes que tengan una ligera potencia, pues bien si tienes la pista con golpes de timbales y de caja, estos tambien actuaran sobre el modulo y tendras bombos de mas, asi que lo que te aconsejo es que pongas puertas de ruido y que ecualices de tal modo que solo se escuche el bombo, para que solo dispare con su sonido, aun asi tendras que arreglar algo.
Otra cosa, despues de haberlo hecho todo, te daras cuenta de que mas de uno que utiliza el doble bombo o doble pedal, deberia haber aprendido a tocar antes un bombo solo, cuando los escuches sabras lo que te digo.