Hay modelos de digitación aplicados tanto a escalas como a arpegios y que vienen en numerosos métodos y ejercicios para piano, en el enlace que te pusieron arriba es uno de tantos. El estudio y fundamentalmente la práctica de estas escalas y arpegios te darán, con el tiempo, una soltura y una intuición natural a la hora de digitar pasajes de escalas y arpegios en las obras que te toques y que dan la sensación, como creo que apuntas en tu post inicial, de una improvisación o "digitación sobre la marcha". Explicar con texto cómo se digita es bastante complicado y tampoco existen reglas fijas que te vayan a resolver la infinidad de pasajes que te vas a encontrar en todo el repertorio pianístico: a digitar se aprende digitando y estudiando y practicando las digitaciones que aparecen normalmente en las partitturas. Para poder resolver tu problema te propongo que, si quieres, me mandes la partitura y yo te la digito para facilitarte el estudio de la misma.
Aquí te dejo varios enlaces a distintos métodos para aprender a conocer y tocar escalas y arpegios e incluso ejercicios técnicos para abordar el aprendizaje del piano poco a poco y a tu ritmo. De cualquier método medianamente elaborado podemos extraer sugerencias interesantes por lo que tu propia experiencia con ellos te irá dando la medida adecuada de cuál es mejor camino para ti.
En http://www.imslp.org tienes una base de datos pública inmensa de partituras musicales para todos los instrumentos y estilos, principalmente enfocado a la mal llamada "música clásica". Allí puedes bichear y te perderás entre tanta partitura. Pero para que vayas a tiro hecho, te dejo algunos de los más representativos que se me ocurren:
http://petrucci.mus.auth.gr/imglnks/usimg/0/07/IMSLP95651-PMLP196865-Finale_2008a_-_-PENTACORDIOS_Y_ESCALAS-.pdf
http://imslp.org/wiki/The_Virtuoso_Pianist_%28Hanon,_Charles-Louis%29
http://petrucci.mus.auth.gr/imglnks/usimg/d/d2/IMSLP267064-PMLP432576-CCzerny_32_Nouveaux_exercices_journaliers__Op.848.pdf
Escoge los que mejor te vengan o mejor se adapten a los que necesitas.
¡Suerte con tu aventura pianística!
Un saludo