O mejor, por poner un símil, más que distintos lenguajes, yo diría que hay distintos idiomas.
El lenguaje es la música.
El idioma: modal, tonal, atonal...
A efectos didácticos, o de aprendizaje y asimilación, creo que es bueno atenerse a las reglas de cada idioma cuando se estudia. Si uno estudia música modal, lo ideal para asimilarla es limitarse a sus normas. Lo mismo si estudia música atonal, o tonal.
O lo mismo que si uno estudia lo que sea.
Pienso que son tres sistemas diferentes en todos los aspectos (armonía, melodía...)
Ahora bien, en el momento de componer música, cada cual es libre de entremezclar esos idiomas en la proporción que quiera. ¿Quá más da cómo se catalogue el resultado?... No creo que los Beatles se dijeran: "vamos a componer algo en modo jónico" e hicieran Let it be; o "vamos a componer en modo mixolidio" y les saliera Norwegian wood. Seguro que les saldría por intuición y talento. Y el resultado será tonal o modal según quien lo valore.
Pero existe un sistema modal (medieval o gregoriano) puro que se puede imitar.
Y existe un sistema atonal puro (por ejemplo Webern, como modelo).
Pienso que lo importante es saber cómo funciona cada uno de esos idiomas, y aplicarlos como convenga para llegar a un resultado sonoro.
El como se llame lo que resulte..., ¿qué más da?
Como se ha dicho ya es normal que en la música de una época se "beba" de las influencias de los sistema musicales del pasado.
Por eso, cuando no había más música que la modal, en la edad media, el modo jónico sonaría tan distinto como el dórico, o el que fuera. Hoy día, tras 5 siglos de mayor / menor, la tendencia es que nos suene todo a eso...