http://techreport.com/articles.x/7750
A mí el modo AHCI me viene muy bien porque tengo una carcasa eSATA, si funcionara en modo IDE tendría que reiniciar para conectar el externo o utilizar la conexión USB 2 (mucho más lenta) que también soporta la carcasa. En tu caso podrías comprar una carcasa USB 3 si quisieras un externo y no tendrías problemas con las conexiones en caliente bajo IDE pero bueno, ahora que Vista/7 integran drivers para instalar bajo AHCI tampoco cuesta nada activarlo.
La gracia de tener un disco para sistema y los otros 2 en RAID 1 es que cuando tengas pasta puedes comprar un SSD sin tener que tocar nada en datos. Los magnéticos harán menos ruido que con un Matrix RAID y el SSD serán 0 dB's. Aunque los discos sean silencisos, el Matrix RAID instala el sistema al principio del disco y luego los datos, el cabezal siempre va a rondar la zona sistema y cuando gestiones datos se moverá a la zona RAID 1. De todas formas me da a mí que el problema del ruido está en los discos viejos.