El CD in es para q conectes tu reproductor de cd, mp3 o lo q sea, te sonara por el altavoz del ampli y entonces puedes tocar encima. En teoria esta ecualizado de forma q las partes q se suponen guitarra suenan menos y puedas tocar sin oir tanto la guitarra de la cancion.
Emulated line out es para sacar lo q estas tocando, al pc, mesa o whatever.
Yo usaria un jack con adaptador pa minijack cuando sea necesario.