Bueno, voy a comentar algo que tal vez no sirva de nada
así que no me apaleen, por favor
Está por demás decirlo, pero asegúrate de que TODOS los cables que usas sean blindados (coaxiales), excepto los que vayan de algún amplificador a altavoces. Muy importante. No debe haber ningún cable sin blindar entre instrumentos, micrófonos, preamplificadores, loop, interfaz, etc. Incluso algunos cables blindados de mala calidad meten ruido.
Lo que yo hago para aminorar el ruido --que como bien señala Harpocrates, siempre va a existir-- conecto todo mi equipo a una sola toma, y voy añadiendo extensiones, según vaya necesitando, a partir se esa sola toma, como si de un árbol con ramas se tratara. Todo parte de una sola toma. Eso ayuda a aminorar bastante el ruido procedente de "tierra". Luego algo que también me ha ocurrido, que si tengo dos o más tomas en el cuarto donde estoy, generalmente una da mejor resultado que otras.
Lámparas fluorescentes, gran problema. Parecen generadores de ruido. Ya nomás falta ponerles envolventes y filtros, y la harian como sintetizadores
Guitarras con pastillas simples, uf! ya no quiero saber nada de ellas
La razón por la cual tu guitarra hace menos ruido en las posciciones 2 y 4 es probablemente porque la pastilla de el medio está invertida la polaridad (es algo que yo hago), entonces en la poscición 2 y 4 se escuchan dos pastillas, efectivamente funcionando algo así como una "Humbucker".
Bueno, a menos que tu problema sea enteramente diferente a todo lo que menciono, pues esas son cosas que me han ayudado a mí bastante. Comprobado.