Hooch, si no lo he entendido mal trabajas con el midi en un proyecto separado y una vez que tengas la melodía la exportas en wave y después trabajas con el audio en otro proyecto distinto?
En caso de ser así... sí. Quizás sea un error. Más que nada porque si trabajas con programas que soporten bien el MIDI y la edición (tipo Logic, Cubase o Pro Tools) no hay necesidad alguna de hacer esto.
Te voy a dar una idea.... yo trabajo en Cubase (incluso después de pasarme al Mac. Conoces la función de pistas FX???? Me refiero a que si tienes una pista donde edites el midi, puedes indicarle al programa que la salida de audio la haga a través de un canal FX en el que insertes todo lo necesario para la edición (compresores, gates, eq, reverb y lo que haga falta). Así podrás editar la pista de midi siempre que quieras y además sabrás cómo suena en todo momento con los plugins que utilices y podrás modificarlo para que se asiente en la mezcla
Saludos!